1988年9月，实验小组从一个硕士生的学位课题开始进行了超声生物学效应的初步研究，在世界上首次提出了“超声波终止早孕”的设想。随后，创立了超声生物学效应课题组，一批医学、声学、自动化控制、精密机械制造、计算机等多学科交叉的科研队伍因此而云集，开始了“高强度聚焦超声肿瘤治疗系统”的实验研究和设备研制。
1997年3月，经四川省教委批准成立了重庆医科大学医学超声工程研究所，该所先后承担了国家“九五”重点科技攻关项目、国家自然科学基金委重点项目、教育部跨世纪优秀人才培养基金项目以及省部级项目等40余项，在国内外刊物上公开发表学术论文300余篇。
2002年3月，经重庆市教委批准成立了重庆医科大学生物医学工程系，该系以培养“医学物理师”及医疗器械研发、营销人才为主要特色。
2002年12月，经国家教育部批准，授予该系“生物医学工程博士学位授权点”，为一级学科，下设4个二级学科，分别是超声医学、组织工程与细胞工程、生物制药与生物医用材料工程、生物医学信息技术。
本着源头创新的发展理念，实验室坚持以国际惯例为行为准则，从事了大量前瞻性、探索性科研工作，通过对超声治疗设备的研制和开发，带动了全球超声治疗领域的迅猛发展。实验室获2000年国家技术发明二等奖，国家“九五”重点科技攻关项目重大成果奖等荣誉，取得国内专利7项、国际专利（PCT）1项。
该实验室将人才培养和科研合作同步推进，不仅培养和汇集了一批勇于探索、富创造精神的人才，还与国内外数十家科研单位展开了长期稳定的科研合作和学术交流。不断提出的创新理念和思想为搭建一流的国际交流平台奠定了坚实的基础，真正发挥国家重点实验室的创新、开放、示范、辐射的作用，为推动行业和地方经济的发展作出贡献。
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